Богоявленский кафедральный собор — один из старейших в Томске. Он расположен в центральной части города. История храма берет свое начало от небольшой Богоявленской церкви, которая была построена в 1633 году.
Первая церковь носила название Христокрещенская. Она была деревянной и несколько раз страдала от пожаров. Один раз ее пришлось полностью перестраивать. Однако новое здание также сгорело и в декабре 1776 года было принято решение возвести каменную церковь. Каменный храм был заложен в 1777 году. Его строили в основном на пожертвования.
В 1892 году в соборе появилось попечительство о бедных людях, а в 1898 — церковноприходская школа. В храме была своя библиотека и мужская гимназия.
В 1920 году власти национализировали собор и закрыли в 1929. В годы Великой Отечественной войны служил эвакуированным заводом «Красный богатырь», на котором до 1989 года производили резиновую обувь. Лишь в 1990-х храм вернули в распоряжение Русской православной церкви.