С 2005 года началась реализация приоритетных национальных проектов в Российской Федерации, в том числе, проекта «Образование». Данный проект предполагал финансовую поддержку инновационных школ.
В 2009 году такое финансирование исключено из проекта «Образование».
В рамках национального проекта сохраняются выплаты за классное руководство, поддержка лучших учителей и талантливой молодежи, а, например, такая задача, как оснащения сельских школ автобусами, переходит на региональный уровень.
В Томской области на сегодняшний день насчитывается 21 школа, имеющие статус инновационных.
Власти региона приняли решение оказывать поддержку данным школам из областного бюджета. На эти цели в 2009 году в бюджет будет заложено 21 млн. рублей.
Кроме этого, Томская область рассчитывает попасть в число 20 регионов России, где с 2009 года начинается реализация проекта по организации школьного питания.