ОАО «РЖД» ежегодно увеличивает объем инвестиций, направляемых в развитие железнодорожной отрасли. С октября 2003 года по октябрь 2008 года объем инвестиционных вложений ОАО «РЖД» составил более 1 трл рублей. За 4 квартал 2003 года инвестиции компании составили 50 млрд. рублей, за 2004 год 139 млрд рублей, за 2005 год 170 млрд рублей, за 2006 год 190 млрд рублей, за 2007 год 255 млрд рублей. В 2008 году запланировано освоить около 400 млрд рублей.
За 5 лет компания вложила значительные средства в совершенствование инфраструктуры важнейших железнодорожных направлений Кузбасс_Северо-Запад, Кузбасс-Дальневосточный транспортный узел, Кузбасс-Азово-Черноморский транспортный узел. В рамках реализации этих проектов было построено свыше 700 км новых линий и вторых путей, около 800 км станционных путей, электрифицировано более 800 км.
В этот период были созданы единые дорожные центры управления перевозками на Октябрьской, Свердловской, Северо-Кавказской и Дальневосточной ж.д. Это создало условия для внедрения новых информационных технологий управления.
В течение 5 лет была полностью завершена электрификация Транссибирской магистрали, направлений Санкт-Петербург – Мурманск, Саратов-Волгоград-Тихорецкая, Старый Оскол-Валуйки, Маленга-Сумской Посад-Обозерская. Производились работы по реконструкции крупных мостов и тоннелей по всей сети железных дорог, реконструкции Сахалинской железной дороги. Был введен в эксплуатацию Северо-Муйский тоннель на западном участке БАМа Восточно-Сибирской железной дороги протяженностью 15 км, Тарманчуканский и Лагараульский тоннель на Дальневосточной железной дороге, ряд тоннелей на Северо-Кавказской железной дороге.
За 5 лет были построены и реконструированы крупные сортировочные и припортовые станции: Бекасово, Лоста, Находка-Восточная, Туапсе, Новороссийск и др. Введены в эксплуатацию новые и реконструированы существующие вокзальные комплексы в Санкт-Петербурге, Ростове-на-Дону, Омске, Новосибирске, Красноярске, Хабаровске и многих других городах. Введены новые линии на подъездном пути к порту Оля.
Были реализованы проекты по организации скоростного движения пассажирских поездов на участках Москва – Мытищи, Москва – Люберцы – Раменское, Москва – Лосиноостровская – Мытищи – Пушкино. Продолжилось развитие интермодального сообщения «железнодорожный вокзал – аэропорт». В 2008 году было открыто тактовое движение электропоездов на участке Москва-Савеловская – аэропорт Шереметьево.
В инвестиционной программе сделан акцент на обновление парка подвижного состава. Удельный вес средств, направленных в течение 5 лет работы компании по программе капитальных вложений на приобретение и модернизацию подвижного состава, составил более 22%. С момента создания компании на железные дороги с учетом лизинга поставлено более 900 локомотивов, около 4 тысяч пассажирских вагонов, более 48 тысяч грузовых вагонов, более 3,5 тысяч секций моторвагонного подвижного состава. Кроме того, модернизировано более 1,3 тысяч локомотивов, 28 тысяч грузовых вагонов, более 2,4 тысяч пассажирских вагонов, более 1,1 тысячи секций электропоездов.
Для работников компании за 5 лет построено свыше 1 млн кв. метров жилья. Также в рамках социальных проектов было модернизировано и построено значительное количество объектов здравоохранения, образования и спорта.
