Строительство Томского Императорского университета стало переломным моментом для Томска: город стал кардинально меняться как внешне, так и содержательно. С его открытием возросло влияние интеллигенции в жизни города, и довольно быстро он стал столицей культурной, научной и инженерной мысли в Сибири. А сейчас, спустя больше чем 140 лет, по праву считается одним из главных интеллектуальных центров страны.
В Сибири было много претендентов на открытие первого за Уралом университета, но финалистами в этой борьбе стали два города – Томск и Омск. Омск вроде как был предпочтительнее: административный центр Западной Сибири, влиятельный генерал-губернатор… Но у Томска была, во-первых, очень активная общественность (будущий устроитель Томского университета Василий Флоринский писал в письме в петербургскую газету «Новое время»: «Человек науки в Омске цениться не будет. Другое дело в Томске. Там не университет пойдет за обществом, а общество за университетом… В Омске науку будут терпеть, в Томске лелеять, ибо это будет гордость города, цвет его и слава»). Во-вторых, у Томска были серьезные заступники, один из которых – ученый Дмитрий Менделеев, который считал: границы империи пролегают по тем городам, где есть университеты, в этом смысле у Томска было более выгодное расположение.
В январе 1878 года и Флоринский (в то время – член ученого комитета при Министерстве народного просвещения, ординарный профессор Казанского университета) и Менделеев (ординарный профессор С.-Петербургского университета) вошли в состав особой комиссии по разработке и проектированию зданий университета. Дочь Дмитрия Ивановича, Ольга, в воспоминаниях об отце писала: «Среди медиков того времени [он] имел несколько приятелей: Кошлакова, Боткина, Флоринского и др.». Сам Менделеев называл Флоринского среди тех своих друзей, которые советовали ему заняться написанием учебников по химии.
«Состав главного университетского корпуса, — вспоминал Василий Флоринский, — был намечен мною вместе с Д.И. Менделеевым. Последнему принадлежало распределение помещений для кафедры химии и физики, ботаники, минералогии, геологии и зоологии. Им же была определена кубатура помещений для каждой кафедры и намечен порядок расположения лабораторий, музеев и кабинетов применительно к соответствующим аудиториям».
На больших листах Менделеев и Флоринский начертили примерные планы внутреннего расположения зданий (и именно этот момент отображен на современном памятнике основателям университета у Главного корпуса ТГУ). Материалы проектов в начале мая были переданы архитектору А.К. Бруни для составления окончательного проекта и сметы по правилам строительного искусства.
За участие в работе комиссии Д.И. Менделеев был удостоен благодарности министра народного просвещения графа Д.А. Толстого. Вот текст этого благодарственного письма, которое министр направил на имя ученого 11 февраля 1878 года.: «Милостивый государь Дмитрий Иванович. В виду деятельного участия, которое Ваше Превосходительство изволили принимать в делах Комиссии для обсуждения проекта по устройству зданий будущего Сибирского университета, протоколы которой представлены ныне мне председателем оной, считаю для себя приятным долгом выразить Вам, Милостивый государь, искреннюю мою признательность за труды Ваши по означенному делу. Примите уверения в совершенном моем почтении и преданности».
В последующие годы, вплоть до смерти Флоринского в начале 1899 года, связи между Дмитрием Ивановичем и Василием Марковичем постоянно поддерживались. В дневнике Флоринского есть запись о посещении Менделеева 20 июня 1892 года, когда тот порекомендовал ему взять профессором кафедры химии Томского университета Е.В. Вернера, преподававшего в офицерских минных классах в Кронштадте. В 1893 году он был избран профессором Томского университета. Кроме того, не без участия великого химика в первый в Сибири университет был назначен профессором физики Ф.Я. Капустин, а экстраординарным профессором Томского университета по кафедре детских болезней — Л.Л. Бартенев, племянник его первой жены.
В 1904 году совет Томского университета единогласно постановил избрать Менделеева почетным членом Императорского Томского университета. Интересно, что, столько сделав для Томска, Дмитрий Иванович ни разу сюда не приезжал.
