Строительство Томского Императорского университета стало переломным моментом для Томска: город стал кардинально меняться как внешне, так и содержательно. С его открытием возросло влияние интеллигенции в жизни города, и довольно быстро он стал столицей культурной, научной и инженерной мысли в Сибири. А сейчас, спустя больше чем 140 лет, по праву считается одним из главных интеллектуальных центров страны.
«Из всех провинциальных центров в СССР Томск стоит на первом месте по своему значению и своими работами в области физики…» — писал в 1927 году будущий нобелевский лауреат по физике Николай Семенов.
Неудивительно, ведь эта наука развивалась в городе с момента открытия Императорского Томского университета. Формально первые 10 лет в нем существовал только один факультет — медицинский. Но первый ректор, Николай Александрович Гезехус, прибыл в Томск именно профессором по кафедре физики с физической географией и метеорологией (правда, уже через 4 дня после прибытия был назначен ректором).
Преподавание физики на медицинском факультете началось с конца сентября 1888 года. Николай Александрович много внимания уделял созданию физического кабинета и организации механических мастерских. Кабинет стал одним из лучших в стране.
Год спустя Гезехус покинул Томск. «Физическую эстафету» подхватил Федор Капустин, назначенный экстраординарным профессором по кафедре физики с 16 декабря 1889 года. Капустин был родным племянником Дмитрия Менделеева, он и рекомендовал Капустину занять кафедру в университете. Федор Яковлевич много внимания уделял совершенствованию физического образования. Например, мгновенно откликнулся на открытие Рентгена, заказал в Германии в 1896 году рентгеновскую трубку и получил первые рентгеновские снимки, положив тем самым начало рентгенографии в Сибири. Он даже собственноручно написал учебник по физике для медиков, выступал на совете университета с просьбой усилить математическую подготовку студентов, ибо «слабое знание ими математики не позволяло читать физику на должном уровне». Федор Капустин проводил научные исследования по теме «Исследование различных физических явлений Сибири», участвовал в научных экспедициях. В одной из таких экспедиций для наблюдения солнечного затмения он использовал присланный А.С. Поповым приемник (грозоотметчик). В историю эти наблюдения вошли как первые опыты по радиоастрономии. Он вел магнитные исследования, организовал работу сейсмической станции, занимался устройством университетской электростанции.
В 1909 году профессор Капустин переехал в Санкт-Петербург, и для чтения лекций по физике с 10 ноября 1910 года в Томский университет на правах приват-доцента пригласили профессора Томского технологического института легендарного Бориса Петровича Вейнберга. Например, его воспитанники — выдающиеся конструкторы Камов и Миль. Он автор многих изобретений, его часто называют «сибирским Да Винчи». В 1911 году по приглашению Вейнберга на должность лаборанта Сибирских высших женских курсов в Томск приехал выпускник Санкт-Петербургского университета Владимир Дмитриевич Кузнецов, впоследствии ставший первым академиком в Сибири, создавший в Томске школу физики твердого тела и СФТИ ТГУ. Именем В.Д. Кузнецова в 1964 году названа одна из томских улиц.