По данным Роспотребнадзора на 21 июля 2017 года, качество воды соответствует санитарно-гигиеническим нормам по исследованным микробиологическим, паразитологическим и санитарно-химическим показателям в следующих водоемах: озеро Боярское, озеро ТНХК, озеро поселок Кисловка, озеро Степановское, озеро Песчаное, озеро поселок Черная речка, также в реке Томь (коммунальный мост № 1, правый и левый берега, в районах Речного вокзала, Семейкина острова, Сенной Курьи), река Ушайка (поселок Заварзино). Об этом сообщается на сайте ведомства.
Не соответствует нормам по микробиологическим показателям качество воды в водоемах: река Ушайка (устье и район поселка Восточный), озеро поселок Новый, озеро Беленькое (село Тимирязевское), река Басандайка (поселок Аникино).
Также были отобраны и исследованы пробы воды в водоемах, на территории зоны отдыха Шегарского района Томской области. Во всех отобранных точках вода соответствовала требованиям санитарного законодательства по микробиологическим, санитарно-химическим и паразитологическим показателям: река Обь (правый берег, лагерь «Обская волна»), река Обь район села Киреевск, река Обь (Шегарский пляж), озеро Лебяжье поселок Победа; озеро Родниковое — Шегарское поселение.
